Расположен между примерно 5° северной широты и 150° восточной долготы. Омывается Южно-Китайским морем. Морское побережье неоднородно. Если на северо-востоке, в районе столицы, доминирует Брунейский залив со множеством островов, то далее на западе преобладает песчаный пологий берег, чередуемый мангровыми зарослями. Прибрежная низменность постепенно переходит в невысокие цепи холмов, а на юге в предгорья. Восточное побережье страны сильно заболочено. Граничит с Малайзией. Территория состоит из двух анклавов, разделённых территорией Малайзии.
Среди полезных ископаемых углеводородное сырьё — нефть и природный газ. Бруней — четвёртый в мире производитель сжиженного природного газа.
Почвы в основном песчано-глинистые, сильно подвержены эрозии. Климат — тропический, экваториальный. Подвержен сильному воздействию муссонов из акватории Южно-Китайского моря. Среднегодовая температура +32—34° С. В стране нет крупных озёр и рек. Реки — Бруней, Тудонг, Тембуронг, Белайт текут, как правило, с холмов южной части страны на север, впадая в Южно-Китайское море.
Относительно нетронутые хозяйственной деятельностью анклавы сохранились лишь в южных районах страны. В северных прибрежных районах преобладает окультуренный ландшафт. Животный мир представлен главным образом птицами.